Dalam menjalankan fungsi dan tugasnya, RSI "SUNAN KUDUS" telah bekerjasama dengan berbagai pihak, baik kerjasama klinis maupun kerjasama manajemen.
Daftar Mitra yang telah bekerjasama dengan RSI "SUNAN KUDUS" diantaranya adalah:
- Dinas Kesehatan Kabupaten Kudus
- Rumah sakit yang ada di Kudus, Jepara, Demak, Semarang dan sekitarnya
- Laboratorium yang ada di Kudus dan sekitarnya
- Apotik yang ada di Kudus dan sekitarnya
- BPJS Kesehatan
- BPJS Ketenagakerjaan
- Halodoc
- Asuransi - asuransi yang tergabung dalam AdMedika
- Perusahaan alat - alat kesehatan
- Perusahaan Obat - obatan
- Pabrik Rokok seperti PT. Sukun, PT. Djarum, DLL
- Pabrik lainnya yang ada dikudus dan sekitarnya
- Kampus dan SMK di Kudus, Jepara, Demak, Semarang dan sekitarnya
- Bank - bank yang ada di Kudus, Jepara, Demak, Semarang dan sekitarnya
